1940-1956
Το έτος 1946 άρχισε η επίσημη ποδοσφαιρική περίοδος και η ΕΠΣΘ κύριξε την έναρξη του πρωταθλήματος Θεσσαλίας. Ο Τοξότης συμμετείχε τόσο στο πρωτάθλημα όσο και στο Κύπελλο. Στις 23 Μαίου 1953 σε τελευταίο αγώνα που έδωσε με την ομάδα του Αχιλλέα Αλμυρού νίκησε και ανέβηκε στην Β´ Τοπική Κατηγορία.
1956-1976
Την περίοδο αυτή ο Τοξότης αγωνίζεται στις Κατηγορίες Γ᾽ και Β´ τοπική. Την περίοδο του έτους 1963 ο Τοξότης αναδεικνύεται πρωταθλητής στην Β´ τοπική κατηγορία με προπονητή τον Αντώνη Παππά.
1976-1980
Η περίοδος αυτή βρίσκει τον Τοξότη να αγωνίζεται στην Α´ τοπική κατηγορία. Το 1979-80 αναδείχθηκε πρωταθλητής και κυπελλούχος ΕΠΣΘ.
1980-1982
Μια νέα εποχή ξεκινάει για την ομάδα του Τοξότη η οποία στο τελος της περιόδου 1979-80 ανακυρήσεται πρωταθλήτρια και ανεβαίνει στην Α εθνική ερασιτεχνική κατηγορία, κατορθώνοντας και πάλι να αναδειχθεί πρωταθλήτρια ομάδα και έτσι να ανέβει για πρώτη φορά στην ιστορία της στην Β´ Εθνική μετά το πέρας της περιόδου 1980-81. Οι δύο αυτές επόχές 80-81και 81-82 ήταν οι χρυσές εποχές την ιστορίας του Τοξότη
1982-2012
Την περίοδο 82-83 και 83-84 αγωνίζεται στην Γ´ εθνική κατηγορία ενώ κατά της περιόδους 84-85 και 85-86 αγωνίζεται στο πρωθάθλημα της Δ᾽ εθνικής κατηγορία. Μέχρι την περίοδο 91-92 ο Τοξότης αγωνίζεται στην Α᾽ ερασιτεχνική. 92-93 και 93-94 στην Β᾽ Τοπική. 94-95,95-96 και 96-97 στην Α´ τοπική. Για τα επόμενα 7 χρόνια η ομάδα βρίσκεται να αγωνίζεται στην Β´τοπική κατηγορία δηλαδή την περίοδο 2003-2004 μετά το τέλος της οποίας να ανέρχεται και πάλι στην Α´ τοπική. Απο την οποία την επόμενη χρονιά 2005-06 να υποβιβαστεί και πάλι στην Β᾽ τοπική και τις επόμενες 4 περιόδους μέχρι και σήμερα να αγωνίζεται στην Γ᾽ τοπική.06 να υποβιβαστεί και πάλι στην Β᾽ τοπική και τις επόμενες 4 περιόδους μέχρι και σήμερα να αγωνίζεται στην Γ' τοπική.
